Puede entregar facturas a UGR, de cualquier importe, solo como factura electrónica, que tenga el formato Facturae reconocido por el MINHAP.
Se hace por web, a través del Punto General de Entrada de Facturas Electrónicas conocido como FACe.
Más información en este enlace y en ¿Qué datos hay que incluir en las facturas?.

Se le recomienda adaptar el sistema informático contable de su empresa para emitir ese tipo de facturas, obligatorias (por Ley 25/2013) para Administraciones Públicas como UGR.

Puede registrarlas cualquier día del año pero no se les dará entrada en UGR en sus periodos inhábiles (por cierre), normalmente durante todo agosto y los últimos 10 días del año (Se publican avisos de ello en esta web PORFA).
Y una vez entregadas, puede consultarlas (y realizar su seguimiento) no solo por ese portal web de FACe sino por este portal propio de UGR (en Consulte sus facturas).